Il nome antico di Laigueglia, Aquilia, secondo numerosi storici trae le sue origini dall'aquila che era l'insegna delle legioni romane che attraversavano la via Iulia Augusta sovrastante Laigueglia. La stessa aquila figura oggi sullo stemma del comune. Entrato a far parte dei territori della Repubblica di Genova nel 1191, il borgo subisce nei secoli seguenti una forte immigrazione di pescatori catalani, interessati al corallo di Capo Mele.

Nei secoli XV e XVI diventa un centro marinaro e commerciale d'importanza tale da suscitare interesse di predoni e Saraceni, tra i quali Khayr Al Din detto il Barbarossa e Dragut. Su invito della Repubblica, Laigueglia costruisce per la sua difesa tre torrioni, dei quali il superstite è stato utilizzato nei secoli successivi come lazzaretto e si è mantenuto intatto fino ai giorni nostri.

Nel XVII secolo Laigueglia raggiunge il suo massimo sviluppo commerciale grazie a una consistente flotta per il trasporto di olio, granaglie e vino. Alla fine del 1800 la marineria mercantile laiguegliese entra in una crisi irreversibile causata dall'avvento dei bastimenti a vapore.

Solo dopo la seconda guerra mondiale l'economia torna fiorente grazie all'avvio in grande stile dell'attività turistica.